キリト（主人公）が友人に勧められたVRとAIアプリをきっかけに、人類を世界の裏でコントロールしようと目論む秘密結社の争いに巻きこまれて行く---
キリトは敬に勧められたAIアプリを入手するが、学校でクラスメイトとトラブルになってしまう。 間一髪のところでAIに助けられるが、そのAIに連れられたVR中で恐ろしい出来事に遭遇してしまう。
キリト達は、女性シンガーの彩音（アヤネ）をストーカの被害から救おうとするが、AIの能力によってストーカーの過去を知ることになる。 一方、秘密結社（Plaga ab agente 神罰の代行者）は遠く離れた地で動き出していた。
